Din 2011, programele Fundaţiei Administraţie Publică şi Buna Guvernare şi Iniţiative Europene vor fi integrate într-un singur program denumit Buna Guvernare, iar domeniile prioritare ale programului reprezintă o continuitate logică a activităţilor desfăşurate în ultimii ani în cadrul celor două programe.
Programul Politici Culturale al Fundaţiei Soros Moldova are misiunea să contribuie la dezvoltarea în Republica Moldova a unei societăţi deschise, participatorii, pluraliste, bazate pe valorile democratice. Pentru a-şi îndeplini misiunea, Programul Politici Culturale organizează, sprijină şi finanţează activităţi menite să încurajeze dezvoltarea segmentului cultural, inclusiv al politicilor culturale.
Programul de Drept îşi propune să contribuie la asigurarea echităţii în sistemul juridic şi a garanţiilor drepturilor fundamentale ale omului. În vederea atingerii acestui scop Programul combină activităţi de advocacy, consolidare a capacităţilor şi cercetare în domeniul politicilor juridice.
Programul Est Est: Parteneriat fără Frontiere (PEE:PFF) din Moldova îşi propune drept scop să faciliteze o colaborare eficientă a organizaţiilor neguvernamentale şi instituţiilor din Moldova cu parteneri atât din ţările Europei Centrale şi de Est, cât şi din alte regiuni, în vederea abordării în comun a problemelor de interes major pentru societăţile în dezvoltare.
Misiunea Programului Sănătate Publică este de a avansa sănătatea şi drepturile persoanelor marginalizate prin dezvoltarea competenţelor liderilor societăţii civile şi implicarea activă a ONG-urilor în procesul de dezvoltare a politicilor de sănătate.
Programul Mass-Media urmăreşte asigurarea unei prese libere, pluraliste, independente, profesioniste şi obiective în Republica Moldova.